主要包括表面清潔、固定、漂洗和脫水等過程，基本上與透射電鏡樣品的處理方法相似,但也有其特殊之處。

1. 樣品大小　所切取樣品比透射電鏡樣品稍大一些，為8～10mm2，高約5mm。

2. 清潔表面　清潔表面并充分暴露樣品表面。常用清洗液有蒸餾水、生理鹽水、緩沖液及含酶的清洗液等。

3. 固定和脫水　常用的固定方法是戊二醛-四氧化餓雙重固定，也可用戊二醛單固定法。

常用脫水劑是乙醇或丙酮。脫水劑濃度梯度增加，從30%或50%開始至百分之BAI進行脫水；易變形樣品脫水劑濃度梯度宜緩慢遞增。

4. 樣品的干燥　脫水后，需要將樣品中的脫水劑徹底揮發干凈，即樣品干燥。其方法有：空氣干燥 、真空干燥、冷凍干燥和臨界點干燥。

5. 樣品表面導電處理　用金屬鍍膜法和組織導電處理技術，一是可增強導電能力，消除荷電效應；二是增加樣品表面二次電子發射率，加強訊號，提高圖像反差。

①金屬鍍膜：使樣品表面覆蓋薄層金屬膜，這層薄膜與樣品表面的凹凸形態完全一致，使標本表面的形貌得以反映。常用的金屬有金、鉑、鉬、或金/鉑、鉑/銫合金。鍍膜的方法有真空鍍膜法和離子濺射法。

②組織導電技術：其目的是為提高導電率克服生物材料的荷電效應，提高樣品表面二次電子發射率。組織導電處理也稱導電染色，是利用某些金屬鹽類能與生物材料中的蛋白質、脂類和淀粉等結合，使樣品表面離子化，使組織導電性增加；并且提高二次電子的發射率。可用醋酸鈾、碘化鉀、丹寧酸等處理標本。