1、樣品需要干燥無水、無易揮發溶劑。樣品需要放入掃描電鏡真空腔室內，如果樣品中含水或易揮發溶劑，會在真空環境中揮發出來，水蒸氣或揮發溶劑可能會引起燈絲故障;大量氣體分子進入真空腔室，亦會引起電鏡真空錯誤，甚至造成分子泵故障;同時氣體分子會散射電子，增加電子束能量分散，降低儀器分辨能力和信噪比。

解決方案：

針對含水或易揮發溶劑樣品，需要將樣品干燥后再放入電鏡進行觀察，為保證樣品干燥過程中表面形貌不被破壞，必要時可采用臨界點干燥和冷凍干燥。對于含水的生物樣品，既要保持完好的組織和細胞形貌，還要保證樣品充分干燥，因此，需要經過化學或物理方法固定、脫水和干燥后再進行觀察，或者利用SEM掃描電鏡的溫控樣品杯對樣品進行成像。

掃描電鏡溫度控制樣品杯可以自動控溫，適用于生物、有機等樣品，使樣品減少水分的蒸發，得以保持原貌，并且減少電子束對樣品的損傷，延長觀察時間。上圖中奶酪和蘋果未經干燥處理，直接使用溫控樣品杯觀察。

2、樣品觀察面需要清潔、無污染物。樣品在制備、拿取和保存過程中都要保持干凈無塵，主要污染物為灰塵、手印、人體分泌物(口水和汗液)及微量油脂等。因此，在拿取與制備樣品時需要佩戴干凈無粉手套，使用的剪刀、鑷子等制樣工具亦要保持干凈。