地礦學

1）掃描電鏡能分析礦物表面形貌，組織和組成。通過SEM掃描電鏡觀測礦物微區變化能為礦物成巖環境與歷史演化分析提供證據；能觀測粘士礦物形態，分布，性質與共生組合等特征，為粘土礦物成因與地球化學背景分析奠定基礎；能分析儲集巖礦物組成，結構構造，孔隙類型與成因等特征，并為儲層優劣評價提供參考。

2）掃描電鏡可以研究巖土組成，構造和堅固性。可用來觀測宇宙塵，隕石及月巖等的形態特征，構造，以便對推斷其成因和認識寧宙提供了有效資料；可以對古微生物化石形態，排列方式進行研究，對測定地質年代及地層形成古地理環境等提供數據。

 微電子工業

半導體器件性能與穩定性與器件表面微觀狀態有關。SEM掃描電鏡可用于半導體二極管、三級管、集成電路或者液晶顯示器的失效分析、微觀形貌的觀察以及失效點和缺陷點的查找與觀測，準確測量器件微觀幾何尺度及表面點位分布情況等，并與能譜相結合也可以分析污染物中各要素。有利于失效原因的分析、制備工藝的完善和有效措施預防事故。

利用掃描電鏡觀察到的光柵的周期性結構。利用SEM掃描電鏡圖可對光柵的周期性距進行測量，觀察光柵上是否有缺陷位點。

刑事偵查

掃描電鏡應用于刑事偵查，其特點是用量少、對檢材無損害，可用來檢驗射擊殘留物、爆炸殘留物、油漆、涂料、文書、金屬附著物、刮擦／撬壓痕跡、毒物、生物類物證（土壤、植物組織、纖維、骨、組織和毛）。通過觀察、比對這批物證微觀形貌，并結合能譜進行成分分析，可為調查提供線索或證實作案提供科學依據。